غلبه فضای سیاسی و جناحی بر فضای علمی و فرهنگی جهاددانشگاهی موجب شد، نقدها به این مجموعه زیاد شود. این اتفاقات مصادف با زمانی شد که طرح ادغام جهاددانشگاهی در وزارتخانه های علوم و بهداشت همچون طرح ادغام جهادسازندگی در وزارت کشاورزی مطرح بود، اما در نهایت به سرانجام نرسید.

دبیر شورای انقلاب فرهنگی کشور گفت: جهان با فرهنگ لائیک، مارکسیسم، لیبرال و... مسیر تاریخ را تغییر داده بود، اما انقلاب اسلامی، دین را به میدان زندگی کشاند.